1、按项目清算

国税发【2006】187号规定：土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。

2、分期开发项目分期清算

国税发【2006】187号规定：土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。

3、普通住宅与非普通住宅分别清算

国税发【2006】187号规定：开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。

4、分批取得立项批文整体开发统一核算的房地产项目

穗地税函【2012】198号规定：对于符合土地增值税清算条件，属于分批取得立项批文、整体开发、统一核算的房地产项目，清算时原则上应作为一个清算单位。

5、如何确认分期开发项目清算

穗地税函【2012】198号规定：对于分期开发房地产项目，符合下列情形之一的，应视为分期项目：

（1）同一开发项目内，房地产开发企业以分期销售形式开发并能够分别核算各期收入和扣除项目的。

（2）同一开发项目内，房地产开发企业分期取得初始产权登记证明的。

6、分期项目符合土地增值税清算条件且未清算应当如何处理

穗地税函【2012】198号规定：对于分期开发房地产项目，以分期项目作为清算单位；但是，如果分期项目符合土地增值税清算条件且未清算的，清算时应将符合清算条件的各分期项目合并作为一个清算单位。

7、报建时没有进行分期项目的备案但是企业自行划分了项目分期建设如何确定清算单位

房地产开发企业的建设工程，在工程项目登记备案时，没有进行分期项目的备案，但是，企业自行划分了项目分期建设，在做土地增值税清算时，是否可以自行划分的分期建设为项目单位进行汇算？

根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）的规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。

苏地税发[2009]72号、苏地税规[2012]1号规定：土地增值税以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算，对于国家有关部门批准的分期开发的项目，以分期项目为单位进行清算。对国家有关部门批准的开发项目或分期项目开发周期较长，纳税人自行分期开发的，其收入、成本、费用按规定分别归集的，主管税务机关可将自行分期项目确定为清算单位。

8、随同商品房一并转让配套设施如何归类

参考地方文件青地税发〔2016〕1号开发项目中既包括普通住宅又包括非普通住宅的，随房屋一并转让的配套设施，凡转让的房屋为普通住宅的，配套设施按照普通住宅进行清算；凡转让的房屋为非普通住宅的，配套设施按照非普通住宅进行清算。单独转让的配套设施按已售的普通住宅和非普通住宅的可售面积分摊进行清算。