根据《税收征收管理法》第二十五条的规定，纳税人有依法或根据税务机关的要求进行纳税申报和报送纳税资料的义务。如果纳税人违反本条规定，没有进行纳税申报，则需要视不同的违法行为适用征管法的不同条款进行处理。
（1）不进行纳税申报，但没有造成国家税款损失
纳税人发生这种违法行为，由于没有造成国库损失，应适用征管法第六十二的规定，由税务机关责令限期改正并视情节严重程度处以一定金额的罚款。如根据《企业所得税法实施条例》第一百二十九条规定，企业在纳税年度内无论盈利或者亏损，都应进行纳税申报，如果企业长期出于亏损状态，经核算没有产生应纳税所得额，无论是否纳税申报，都没有当期应缴所得税款。此外，根据全国人大常委会法制工作委员会对《税收征收管理法》第六十四条第二款的释义，如果纳税人不进行纳税申报，但在法定纳税期限届满前缴纳了税款，也属这种情形。
（2）纳税人在规定的期限内未进行纳税申报，经税务机关通知仍拒不申报，导致不缴或者少缴税款
根据全国人大常委会法制工作委员会对《税收征收管理法》第六十四条第二款的释义，这种情况就属于偷税行为，应当按照本法第六十三条的规定，认定为偷税，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。不过，司法实务中，对“税务机关通知”，一般采用比较宽泛的解释，如果纳税人已经进行纳税登记，则视为税务机关已经通知申报。
在青岛双巧建筑装饰工程有限公司诉青岛市地方税务局稽查局税务征收行政处理决定一案（一审：青岛市市南区人民法院（2014）南行初字第73号；二审：青岛市中级人民法院（2014）青行终字第414号）中，就税务稽查局2013年6月24日送达的《税务检查通知》进行税务检查，并于2014年2月10日作出《税务处理决定书》，要求原告双巧公司补缴2005年至2009年涉案土地的土地使用税纠纷，原告认为，因其未进行纳税申报，导致其未缴纳涉案税款，应适用《税收征收管理法》第六十四条第二款及国家税务总局《关于未申报税款追缴期限问题的批复》的规定，对公司不缴税款的追征期限为三年。法院审理认为，根据《最高人民法院关于审理偷税抗税刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第二条第二款的规定：“具有下列情形之一的，应当认定为刑法第二百零一条第一款规定的‘经税务机关通知申报’：（一）纳税人、扣缴义务人已经依法办理税务登记或者扣缴税款登记的”。双巧公司已于2003年2月26日在青岛市地方税务局崂山分局办理了税务登记，应视为已经税务机关通知申报，不符合《税收征收管理法》第六十四条第二款及国家税务总局《关于未申报税款追缴期限问题的批复》规定的未进行纳税申报的情形，对其适用三年追征期的主张不予支持。
不过，按照上述案例审理意见，只要进行了纳税申报，就视为税务机关已经通知申报纳税，显然采取的是对纳税人从严处理的思路。“视为”某种法律效果，通常是针对默示的意思表示进行规定的，因该意思表示并无具有外观特征的表示行为，法律推定其具有某种意思表示。同时，也因为其没有外观表示行为，相对方无从知晓其内心的真实意思，只有在法律明确规定的情形下方才具有法律效力。[1]如我国《公司法》对有限责任公司股权对外转让规则中，规定“股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让”，就属于法律推定的默示行为。此外比较常见的还有法定代理人和被代理人的默示拒绝追认制度。但是，在我国税法关于税款追征期的规定，并没有明确的推定意思表示的规定，本案法院审理意见还是值得推敲的。
此外，根据《国家税务总局关于企业虚报亏损适用税法问题的通知》（国税函〔2005〕190号）规定，如果纳税人虚假申报虚报亏损，造成不缴或少缴应纳税款的，则适用征管法第六十三条第一款追缴税款、滞纳金，并处罚金；未造成不缴或少缴应纳税款的，适用《征管法》第六十四条第一款由税务机关责令限期改正，并处五万元以下的罚款。不过，根据《国家税务总局关于公布全文失效废止部分条款失效废止的税收规范性文件目录的公告》（国家税务总局公告2011年第2号），国税函[2005]190号已经全文废止。
（3）纳税人不进行纳税申报，造成未缴、少缴应纳税款，主管税务机关也未能及时通知申报
在这种情形下，无论纳税人属于故意还是疏忽，根据国家税务总局《关于未申报税款追缴期限问题的批复》（国税函（2009）第326号）的规定，都不属于偷税、抗税、骗税，应适用《税收征收管理法》第六十四条的规定追缴税款和滞纳金，并处罚款，同时适用税收征管法第五十二条关于三年或五年追征期的规定。
不过，这种不进行纳税申报未缴少缴税款的情形是否适用所有纳税人，在我国税收主管机关内部存在两种不同的解释，一定程度上造成税务执法上的认识混乱。国家税务总局编写的征管法释义认为征管法第六十四条第二款中“不申报”包括办理税务登记的纳税人和未办理税务登记的纳税人，只要不申报产生了不缴、少缴税款的结果。而《国家税务总局办公厅关于税收征管法有关条款规定的复函》（国税办函[2007]647号）则认为，《税收征管法》第六十四条第二款只适用未办理税务登记的纳税人在发生纳税义务以后不进行纳税申报，从而造成不缴或者少缴税款结果的情形。
在海南省乐东县地方税务局、三亚承阳实业有限公司与海南省三亚市实业开发公司借款合同纠纷执行申请复议一案（执行法院：三亚市中级人民法院（2014）三亚执异字第177、178号；复议法院：海南省高级人民法院（2015）琼执复字第8、9号）中，执行法院认为，被执行人对涉案土地从未进行实际性开发使用，基于该土地所发生的应缴未缴税款的纳税情形，被执行人未存在主观上的故意，未存在客观上的弄虚作假行为，其应缴未缴税款属“不进行纳税申报造成不缴应纳税款”的情形，符合国税函（2009）第326号批复规定的情形，应适用五年的税款追缴期限的规定进行处理。
（4）纳税人进行不实申报，造成未缴、少缴应纳税款
对于已经进行税务登记的纳税人，进行不实申报造成国家税款损失，国税办函[2007]647号只是规定不适用征管法第六十四条第二款，纳税人究竟应承担什么法律责任则没有进一步予以明确，显得法律解释的不周延性。根据《新税收征管法及其实施细则释义》（中国税务出版社2002年版），这种情形与虚假纳税申报的含义是一致的，如果造成不缴或者少缴税款的结果，属于偷税，应按照《税收征管法》第六十三条的规定处理。
[1]《中华人民共和国民法总则》规定，沉默只有在有法律规定、当事人约定或者符合当事人之间的交易习惯时，才可以视为意思表示。
