2018年1月1日，收费公路通行费增值税电子普通发票开始应用了，由此带来了通行费增值税进项税额抵扣的方式变化：

情形一：未办理ETC卡或用户卡的现金客户，暂按原有方式交纳通行费和索取票据。

这种方式的抵扣，没有办法，还是老办法，即财税【2016】86号文件：

一、增值税一般纳税人支付的道路、桥、闸通行费，暂凭取得的通行费发票（不含财政票据，下同）上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣的进项税额：

高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷（1+3%）×3%

一级公路、二级公路、桥、闸通行费可抵扣进项税额=一级公路、二级公路、桥、闸通行费发票上注明的金额÷（1+5%）×5%

通行费，是指有关单位依法或者依规设立并收取的过路、过桥和过闸费用。

第三只眼：这种情形下，抵扣方式还是老的固定式的抵扣方式，且没有时限要求。这种票据的抵扣填写在“其他扣税凭证”的“其他”项下。

情形二：ETC后付费客户和用户卡客户

通过经营性收费公路的部分，在发票服务平台取得由收费公路经营管理单位开具的征税发票；通过政府还贷性收费公路的部分，在发票服务平台取得暂由ETC客户服务机构开具的不征税发票。

第三只眼：这种情形下，即为新的通行费电子普通发票，这类普通发票，在抵扣时就不执行财税【2016】86号文件了，而是根据开具的发票上的显示的“适用税率”或“征收率”计算出来的税额进行抵扣。如何抵扣呢？

增值税一般纳税人取得符合规定的通行费电子发票后，应当自开具之日起360日内登录本省（区、市）增值税发票选择确认平台,查询、选择用于申报抵扣的通行费电子发票信息。

增值税一般纳税人申报抵扣的通行费电子发票进项税额，在纳税申报时应当填写在《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）中“认证相符的增值税专用发票”相关栏次中。

这是什么意思，普通发票当“专用发票”使用了，而且还有360天，其实这个事儿，我们也是要非常重视的，因为有时一旦填“错行”，有可能被税务部门得出不让抵扣的结果。不过这个也算是“认证”程序了。

情形三：ETC预付费客户

在充值后索取发票的，在发票服务平台取得由ETC客户服务机构全额开具的不征税发票，实际发生通行费用后，ETC客户服务机构和收费公路经营管理单位均不再向其开具发票。

客户在充值后未索取不征税发票，在实际发生通行费用后索取发票的，通过经营性收费公路的部分，在发票服务平台取得由收费公路经营管理单位开具的征税发票；通过政府还贷性收费公路的部分，在发票服务平台取得暂由ETC客户服务机构开具的不征税发票。

第三只眼：这儿预付费，如果当时就要发票，小编认为如果不涉及抵扣的可以要，但是如果涉及抵扣的，就不要，在实际发生通行费后再网上取得，其中经营性的是可以抵扣的，这个有点儿“严格”，难道是怕纳税人报销重复了吗？或许有这方面的担心的。

如果取得了征税发票，则就可以进行抵扣操作，同时按照上面的抵扣方式进行操作。有的人可能提到，不征税的难道不能选择吗？关键是不征税的都分不清税额如何选择抵扣？

情形四：通行费电子发票的税率或征收率改变

财税【2016】86号是按固定的征收率来操作的，如果是按税率或征收率，则有可能是3%，也有可能是11%，对于简易的，因为是涉及：

公路经营企业中的一般纳税人收取试点前开工的高速公路的车辆通行费，可以选择适用简易计税方法，减按3%的征收率计算应纳税额。

试点前开工的高速公路，是指相关施工许可证明上注明的合同开工日期在2016年4月30日前的高速公路。

所以如果不满足上面条件，且未选择3%的，则就是按不动产经营租赁计税，税率就是11%的，此时抵扣可能就是有利起来，但是这个由于刚营改增，估计仍是3%的多。

所以2018年以后，通行费真的复杂起来，对于一级公路，二级公路，桥、闸通行费，还是按5%，部分地区试点一级公路ETC收费，理解上也是按上面的分析进行涉税处理的。