1、根据《交通运输部、国家税务总局关于收费公路通行费增值税电子普通发票开具等有关事项的公告》（交通运输部、国家税务总局公告2017年第66号）的规定：

增值税一般纳税人取得符合规定的通行费电子发票后，应当自开具之日起360日内登录本省（区、市）增值税发票选择确认平台，查询、选择用于申报抵扣的通行费电子发票信息。

2、针对按照有关规定不适用网络办税的特定纳税人，66号公告规定，可以持税控设备前往主管国税机关办税服务厅，由税务机关工作人员通过增值税发票选择确认平台（税务局端）为其办理通行费电子发票选择确认。

3、从以上规定可以看出，2018年1月1日之后，纳税人取得符合规定的通行费电子发票，要想抵扣，只有一种方式，即勾选确认，传统的扫描认证方式不再适用。

4、然而，并不是所有的纳税人都可以适用勾选确认平台。

根据《国家税务总局关于按照纳税信用等级对增值税发票使用实行分类管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2016年第71号）的规定，自2016年12月1日起，取消增值税发票认证的纳税人范围包括：

（1）有纳税信用等级的，纳税信用为A级、B级和C级的一般纳税人，也就是说D级纳税人除外。

（2）新办未评级的纳税人，在2017年4月30日前不需进行增值税发票认证，2017年5月1日之后，按照信用等级情况执行。

5、2017年8月份以后，北京，大连，山西，苏州等省市将本辖区内新办及未评级的增值税一般纳税人纳入取消认证范围，但是这些地区的纳税信用D级纳税人仍然需要扫描认证。

6、因此，全国范围内的所有纳税信用D级纳税人和绝大多数省市新办及未评级的一般纳税人，目前仍只能采用扫描认证方式。也就是说，它们取得符合规定的通行费电子发票，将面临无法登录确认平台，进而有可能无法抵扣进项税额的困境。

7、建议相关部门对这一问题进行明确，保证所有纳税人的公平待遇。在相关政策出台之前，建议此类纳税人可以采取以下措施：

（1）过渡期内，不使用etc卡或用户卡，以现金交纳通行费，取得通行费发票，计算抵扣。

（2）已取得符合规定的通行费电子发票的，与主管税务机关沟通，明确具体的抵扣方式。