现将《国家税务总局关于修改〈非居民企业所得税核定征收管理办法〉等文件的公告》的有关内容，解读如下：
一、 发文背景
《国务院关于取消和调整一批行政审批项目等事项的决定》（国发〔2015〕11号）和《国务院关于取消和下放一批行政审批项目的决定》（国发〔2014〕5号），取消了主管税务机关对非居民企业适用行业及所适用的利润率审核、境外注册中资控股居民企业选择主管税务机关批准和主管税务机关变更审批、非居民企业股权转让选择特殊性税务处理核准事项。为此，需对《非居民企业所得税核定征收管理办法》（国税发〔2010〕19号）、《境外注册中资控股居民企业所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2011年第45号发布）和《国家税务总局关于非居民企业股权转让适用特殊性税务处理有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年第72号）有关条款进行修订，此次修订主要是为了适应取消行政审批事项及加强后续管理要求。
二、主要调整的内容
（一）对《非居民企业所得税核定征收管理办法》的修改
非居民企业核定征收的相关规定，是根据税收征管法第三十五条，税务机关依职权对无法据实征收的非居民企业的一项征管行为，不是以纳税人申请为前提的，为避免歧义对相关表述进行修改，删除该条第二款，进一步规范核定征收程序及工作要求，规定了办理时限，修改关于“审核”的表述。同时，对《非居民企业所得税征收方式鉴定表》做相应修改。
（二）对《境外注册中资控股居民企业所得税管理办法（试行）》的修改
就目前的税收法律法规的相关规定看，企业实际管理机构的概念及其所在地的判定标准还不够清晰，据此确定主管税务机关往往有争议，如果对境外注册中资控股居民企业主管税务机关不事先明确，会增加征纳双方的不确定性和征管成本。为此，税务总局已在《国家税务总局关于依据实际管理机构标准实施居民企业认定有关问题的公告》（2014年第9号），对《国家税务总局关于境外注册中资控股企业依据实际管理机构标准认定为居民企业有关问题的通知》（国税发〔2009〕82号，以下简称《通知》）有关条款进行了修订，规定符合《通知》第二条规定的居民企业认定条件的境外中资企业，须向其中国境内主要投资者登记注册地主管税务机关提出居民企业认定申请。本公告在此基础上，进一步明确了境外注册中资控股居民企业主管税务机关为其中国境内主要投资者登记注册地主管税务机关，取消境外注册中资控股居民企业选择主管税务机关批准和主管税务机关变更审批。
（三）对《关于非居民企业股权转让适用特殊性税务处理有关问题的公告》的修改
非居民企业股权转让选择特殊性税务处理核准，该项行政审批已通过国家税务总局2013年第72号公告将其调整为备案管理，但是72号公告第七条当中“非居民企业股权转让未进行特殊性税务处理备案，适用一般性税务处理规定，应按照有关规定缴纳企业所得税”的规定，容易造成在执行当中作为事前核准性备案方式，变相实施审批，故取消该规定。税务机关要结合日常征管，加强非居民企业股权转让适用特殊性税务处理的管理，发现非居民企业股权转让适用特殊性税务处理未进行备案的，应告知其按照本公告第二条、第三条的规定办理备案手续。对非居民企业股权转让适用特殊性税务处理不履行备案手续的，税务机关将按征管法及其实施细则的有关规定处理。