根据《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》第六条规定，现对交通部门的港口用地征免土地使用税问题，规定如下：

一、对港口的码头（即泊位，包括岸边码头、伸入水中的浮码头、堤岸、堤坝、栈桥等）用地，免征土地使用税。

二、对港口的露天堆货场用地，原则上应征收土地使用税，企业纳税确有困难的，可由省、自治区、直辖市税务局根据其实际情况，给予定期减征或免征土地使用税的照顾。

三、除上述规定外，港口的其他用地，应按规定征收土地使用税。